ヨシ様、お問い合わせありがとうございます。

このお時計、リューズの芯棒にあたる「巻真」の位置が文字盤の3時位置になります。
この「巻真」が通る穴がケースの3時位置に空いています。
この穴をガイドにしてケースに対しムーブメントの位置、向きが決まります。
拝見する限り、ムーブメントに対して文字盤が曲がっていることはありません。
少しでも曲がっているならば6時位置のスモールセコンド（秒針）の軸が折れてしまいます。

ケース3時位置の穴位置が4時方向に若干ズレている、ということはあまり考えられませんが
アンティーク時計であること、例えばそれが手作りの小ロット生産だったりすると
穴位置のズレたものがそのまま流通してしまうことがあったのかもしれません。

いずれにしても、これを修正することは出来ません。
ケースの穴位置を変えてあげるしかないのですが、元の穴と新しい穴、2個の穴が
空いてしまいます。

お役に立つことが出来ず、誠に申し訳ございません。
また、機会がございましたら宜しくお願い申し上げます。